El clima pertenece a la franja de frío continental con estación seca.

Las temperaturas y precipitaciones no son uniformes en el área ocupada por el Parque Nacional. Una importante variación de las lluvias se produce de Oeste a Este, entre el límite con Chile y el Río Limay. Por su parte, las temperaturas disminuyen marcadamente desde las laderas bajas hacia la cumbre de los cerros. Estas variaciones climáticas a las que se suman diferencias en cuanto a suelos, relieves y geomorfología, dan por resultado importantes cambios en la vegetación y fauna.

En verano los días son cálidos y soleados, con noches frescas, y escasas lluvias y vientos predominantes del sudoeste. Por la latitud en que se encuentra esta ciudad, la luz del día se prolonga hasta cerca de las 22 horas. La temperatura promedio es de 18°C, con máximas de 29°C y mínimas de 9°C.

En otoño los días son frescos - templados con noches frías. La temperatura oscila entre los 4°C y los 13°C. En esta época predominan las lluvias.

En invierno días fríos con precipitaciones níveas. Las temperaturas oscilan entre 8°C y –10°C.

En primavera los días son frescos que comienzan a alargarse y a elevar paulatinamente la temperatura, disminuyendo lentamente el caudal de precipitaciones. Las noches son frías, manteniendo durante el día temperaturas que oscilan entre los 7°C y los 20°C hacia el final de la temporada.